section01　：　目覚めの日
１４歳の誕生日を迎えたジョミー・マーキス・シンは、成人検査で不適格者の烙印をおされ排除されかかる。


section02　：　ミュウの船
保安隊に包囲されたジョミーはリオの導きでミュウの母船に招かれる。迫害を受けるミュウをジョミーは嫌悪するが…


section03　：　アタラクシア
アタラクシアに戻ったジョミー。そこに両親の姿はなく保安隊に確保されてしまう。が、ジョミーはついにミュウの力を覚醒させる。


section04　：　宇宙からの帰還
ソルジャーブルーは単身ジョミーの救出に向かう。成層圏を飛ぶジョミーを引き止めたブルーは、自らの記憶と思いを伝えていく。

section05　：　死の跳躍
ジョミーはミュウ因子の少年シロエに接触を試みる。一方、サイオン・トレーサー回避のため、シャングリラは決死の惑星脱出を敢行した。


section06　：　ステーション E-1077
教育ステーションE-1077に所属するキース・アニアンは、サムとともに、新入生を乗せた宇宙船の救助に独断で向かう。


section07　：　反逆のシロエ
メンバーズ候補生となったキース、サム、スウェナ。新入生として現れたシロエの反抗的な態度に、キースの心が揺さぶられていく。


section08　：　震える心
キースの出生の秘密を掴むシロエ。だが直後に捕まる。同じ頃、ジョミーの干渉波が異変を起こす。影響を受けなかったキースだったが、サムの前では人間らしい一面を覗かせた。


section09　：　届かぬ思い
検査から脱出してきた瀕死のシロエを匿うキース。しかし、シロエの挑戦的な態度は変わらなかった。再び発せられるジョミーの干渉波は、シロエのミュウの力を覚醒させる。シロエ排除をマザーから命じられたキースは命令に従うが、涙を止めることはできなかった。

section10　：　逃れの星
アタラクシアを脱出して13年後のシャングリラ。いまだ流浪し続けるミュウにも疲弊がたまりはじめる。そんな時、フィシスの占いがミュウを一つの星に導いた。ジョミーは新しいミュウの歴史を作ることを提唱し、ミュウ生存の希望は「ナスカ」に託される。


section11　：　ナスカの子
定住を希望する若きミュウ。否定するミュウの長老。対立が露呈する中でトォニィが誕生する。安息と不安が入り混じるミュウに不穏な空気が流れ出す。洗脳されたサムとジョミーとの再会は悲劇をもたらし、メンバーズの一員になったキースも動き出していた。


section12　：　孤独なるミュウ
ミュウがナスカに降り立ってから三年後。トォニィの父親の死を堺に、ミュウの世代間ギャップはますます深刻化していく。同じ頃、辺境に向かったキースは潜んでいたミュウの青年マツカを知る。マツカを部下に置いたキースは、ジルベスター７に赴いた。


section13　：　星に潜むもの
キースと対峙したジョミーはリオの介入で危機を免れる。拿捕したキースの心理捜査を試みるミュウ。だが、偽りの記憶にジョミーは怒りをぶつける。同じ地球の記憶を持つキースに動揺するフィシス。一方、キースの生存を信じるマツカは、再びジルベスターに向かった。


section14　：　同じ記憶
キースとの対話の可能性をジョミーは探ろうとするが、人類とミュウの隔たりは容易ではなかった。キースを危険人物と認識した幼少のトォニィは、逆にキースに襲われる。我が子を求めるカリナ、マツカの侵入を阻止しようと飛び出すジョミー。混乱に乗じて脱出したキースは、再びフィシスと対面する。そして、異変を感じたブルーが静かに覚醒をはじめた…。

section15　：　変動の予兆
フィシスとトォニィを人質にシャングリラ脱出を計るキース。ブルーの阻止でトォニィだけは開放される。しかし、ミュウ側の対応はすべて後手に回る。マツカをミュウと認識しながらも撃墜できず逃がしてしまう若いミュウ。ジョミーの奔走も空しく、カリナは命を散らしてしまう。唯一、フィシスを救い出すことができたジョミーだったが、時すでに遅く、人類側のジルベスタ−総攻撃の準備が開始された。


section16　：　赤い瞳　蒼い星
動き出した国家騎士団のミュウ殲滅作戦。「オペレーション・スローターハウス」には、惑星破壊兵器メギドシステムが投入された。異変を感じるミュウ。それは次々と謎の昏睡状態に陥るナスカの子供達と同時だった。早急にナスカを離れるようブルーは指示を出す。だが、いまだナスカにとどまる意志を貫く若いミュウ達の説得のため、ブルーとジョミーはナスカの地表に向かう。


section17　：　永遠と陽炎と
発動したメギドシステムを食い止めたのは、ブルー、ジョミー、成長し目覚めた7人のナスカの子供達だった。ブルーはジョミーにナスカを任せ、メギドの第二波阻止のため単身挑む。ブルーを待ち受けるキース。だが、ブルーは命を賭けてメギドを破壊する。ナスカは崩壊した。ブルーをはじめ、多くの犠牲者を出したミュウ。ジョミーはブルーの遺志を受け継ぎ、アタラクシアに向かうよう命令を下す。

section18　：　再会のアルテメシア
成長したナスカチルドレンの圧倒的な戦闘力は、従来のミュウ達との間に確執を生むが、非情に徹するジョミーは彼らに戦闘を命じ続ける。スウェナからシロエの絵本とステーション E-1077が廃棄されたことを聞かされたキースは、シロエの映像を確認した後、ステーション E-1077に向かう。途中、アルテメシアがミュウによって陥落したことをキースは知る。同じ頃、アルテメシアに降り立ったジョミー達を出迎えたのは、スウェナ・ダールトンだった。


section19　：　それぞれの場所
スウェナは彼女の娘を引き取ったジョミーの養父母に会わせようとするが、ジョミーは会うことなくその場を後にする。ジョミーの目的はテラズナンバー５との戦いだった。一方、キースはマザーイライザの案内で出生の秘密を知る。フィシスともども実験体だったことを目の当たりにしたが、グランドマザーの命令を実行。ステーションを破壊する。ともに自身の過去に決別したジョミーとキース。そして、グランドマザーの意向どおり、ミュウ殲滅計画は第二段階へ移行していく。


section20　：　決戦前夜
ソル太陽系地球に向かうミュウを迎え撃つためキースが動く。パルテノンによる暗殺計画をマツカの働きで切り抜けたキースは首謀者達を逮捕、心理探査にかけて排除を命じる。そして現人類の首都星ノアに降りたキ−スは元老の地位を拝命、グランドマザーの支持の元、ミュウ殲滅作戦の準備を固めていく。ノアを欺き、決戦の場をソル太陽系に決定するキース。現人類国家主席に就任したキースの命令を受け、大艦隊がソル太陽系に向けて発進する。一方、アルテメシアから脱出してきたジョミーの養父母とレティシアだったが、レティシアにミュウ因子が発見されたことで、家族ごと隔離されてしまう。


section21　：　星屑の記憶
ミュウに無条件降伏した首都星ノア。降伏条件を受け入れ、ＳＤ体制と成人検査全面撤廃の方針を固める。ミュウの支配でしだいにＳＤ体制は崩壊していくが、キース率いる人類圏主力艦隊がミュウの幾手を阻む。ミュウ側にも不安が募る。戦いが終われば今度はナスカチルドレンが追われると、悲しむアルテラ。しかし、トォニィがそんなアルテラを勇気づける。いよいよ決戦を迎える統合軍艦隊とミュウ。対サイオン対策の戦闘で苦戦するミュウとナスカチルドレン。ミュウが優勢するものの、アルテラを含め３人のチルドレンが散った。決戦の切り札として、キースは木星軌道上にあるミュウ強制収容所を落とすことを通告。トォニィの怒りがさらに増幅した。

section22　：　暮れる命
ジョミーはテラへの進行を決意し、同時にある作戦を実行する。その影で、キース暗殺を決意したトォニィは、単独で『ゼウス』に侵入する。鉄の意志でミュウ排除を遂行するキースに対し、軍人の間でも異議を唱えるものがいた。だが、キースは密かに悲しみを抱く。それがサムの死であることを、マツカは怒りに触れながらも理解する。収容所がゼルの旗艦によって救助された頃、一人で自室にいたキースにトォニィが襲いかかる。危機を感じたマツカと相打ちになるトォニィ。ミュウ同士の望まぬ戦いを強いられながら、トォニィはマツカを殺めてしまう。ショックを受けるトォニィに対し、キースに思われていたことに気づいたマツカは、満足げに息を引き取った。


section23　：　 地球 (ちきゅう) へ
ミュウの船団は念願の地球にたどりつく。人類側に和解を求めるジョミー。人類の代表となったキースはその選択に迷う。グランドマザーにミュウ因子を排除しない理由を明かされたキース。人類が愚かであることを感じながら、自身の意志との葛藤の末、交渉のテーブルにつくことを承諾する。それはメギドシステムが働く直前の決断だった。すでに地球は荒廃しつくし、その姿を見てジョミー達は涙を流す。しかし後に引けないとしながら、砂漠化した地球に降り立つ。交渉場所はユグドラシル。地球再生機構『リボーン』の拠点、その総本部。交渉が開始されるが互いの意見はかみ合わない。交渉が物分れになりかけた時、キースはジョミーをグランドマザーに引き合わせることを提案する。承諾したジョミーは、ユグドラシルの地下に作られたグランドマザーの壮大さに威圧された。


section24　：　 地球の緑の丘
グランドマザーとＳＤ体制。人類の欲望を制御し、世界に恒久的な秩序と調和をもたらすシステム。そのプログラムを変更できるのは、完璧な人類だけだという。しかし、ジョミーは真っ向から否定する。キースはグランドマザーと同じ意志の元、人類の存亡をかけてジョミーと一騎打ちを開始する。だが、キースはミュウとの交渉直前、人類に向けてのビデオメッセージをスウェナに託した。それにより、進化の過程で生き残るのは、人類かそれともミュウか、プログラムされた実験だったことが明白になる。未来を今の人類に委ねられるのか、それはキースの賭けだった。同じ価値を持って、ジョミーもキースと戦っている。ジョミーの帰還を願うフィシスは、憎しみをぶつけるトォニィに強く主張した。同じ頃、グランドマザーによってジョミーは窮地に陥っていた。マザーはキースを排除しかけるが、ジョミーの攻撃で崩れていく。崩壊する中、ようやく本心で語り合うことができたジョミーとキースに、マザーの最後の攻撃が襲いかかった。トォニィ、リオ、そして、シャングリラのミュウ達は、急ぎジョミーと人類救出に動きだす。唯一、ジョミーの元にたどりついたトォニィにジョミーは未来を託し、次期ソルジャーに選任する。また、キースからも思いを託され、トォニィはようやく悲しみを振り払って一人立ちしていく。一方、ミュウの長老達は最後の力で、残されたカナリアの子供たちとフィシスを救いだす。破壊の要になるメギドシステムを阻止するために、総攻撃を開始するトォニィとミュウ。そして、統合軍の軍人、グレイブ・マードックにセルジュ達。この攻撃でグレイブはメギドに体当たりを敢行し、軍人らしい死を遂げる。さらにリオも帰らぬ人になる。残されたものは、先人の意志を受け継ぎ、未来に歩む決意を固める。その際たる前にいたのは、命が紡がれていく意味を知ったトォニィだった。彼らは新たな楽園を求め、再び宇宙に旅立っていく…。